Anlässlich einer Schulstrukturreform im Landkreis Celle wurde am 01.08.2012 die Oberschule Flotwedel in Eicklingen eingerichtet. Gestartet wurde mit einem neu zusammengesetzten Kollegium der ehemaligen Realschule Flotwedel und der Hauptschule Eicklingen sowie einigen neuen Kollegen und Kolleginnen. Die Realschule und die Hauptschule wurden im Zuge der Neugründung aufgelöst. Begonnen wurde mit drei Oberschulklassen in Klasse 5, jeweils drei Realschulklassen und zwei Hauptschulklassen in den höheren Jahrgängen.
Außerdem wurde mit dem teilgebundenen Nachmittagsunterricht im Ganztag (dienstags und donnerstags) begonnen und die Lernzeit sowie Klassenprofile ins Leben gerufen.
Im Frühjahr 2014 hat sich die Oberschule Flotwedel für die jahrgangsbezogene Beschulung der Schülerinnen und Schüler entschieden. Das heißt, dass die Fächer Deutsch, Mathematik und Englisch ab Klasse 7 differenziert in G- (Grundniveau) und E-Kursen (Erweiterungsniveau) unterrichtet werden. Seit dem Frühjahr 2016 wird das Fach Physik ab dem 9. Jahrgang ebenfalls differenziert unterrichtet.
Nachdem 2016 der letzte Hauptschuljahrgang und 2017 der letzte Realschuljahrgang entlassen wurde, folgte im Sommer 2018 der erste Oberschuljahrgang.
Mit ca. 360 Schülerinnen und Schülern in 19 Klassen, die von den Grundschulen Eicklingen, Wienhausen und Langlingen kommen und 38 Lehrkräften, ist die Oberschule Flotwedel mittlerweile die einzige Oberschule im Landkreis Celle, die jahrgangsbezogen und nicht schulzweigbezogen unterrichtet.